在曾华用“行政手段”对佛教进行打压之后，佛教的主体开始步步后退，最后退守到被北府指定的寺庙里，无奈地进行“哲学方面”的理论研究，毕竟佛教在中国的第一个高峰期还早得很，他们的势力没有后世那么强横。
但是这就不代表佛教没有狂热分子，少数狂热佛教徒在大部分佛教徒纷纷改变信仰后更是愤怒，对圣教和它的后台－北府更是仇视。他们从雍州三辅之地退到安定郡和秦州等偏远之地，很快就和叛乱分子勾结在一起，成为“**分子”。
探马司和侦骑处也侦查到了相关的消息，揪出了一批人来，但是这次“**分子”下了狠心，投了血本，借着旱灾刚过，一些地方民心被搅乱的时机立即发起叛乱，打了个北府措手不及。
七月，氐人首领梁余与当地豪强平施在秦州天水郡显新起事，聚众五千余人，自称“征西将军”和“镇西将军”；氐人首领雷真、屠各匈奴首领刘援勾结陇西鲜卑首领固居步在秦州略阳郡平襄起事，聚众万余，自称“秦王”、“大将军”、“大单于”。
八月，氐人首领强咨、羌人首领魏钟、河西鲜卑首领仆顺允在雍州安定郡泾阳起事，聚众七千余，自称“大都督”、“大司马”、“大都护”；豪强世家关慎勾结氐、羌人首领在秦州略阳郡清水起事，聚众六千余，自称“周雍州刺史”；僧人显正聚集佛教徒千余人，挟民众五千余人在秦州天水郡中陶起事。
一时秦、雍两州烽火四起，三箭军报接连不断向长安奔去。
曾华等人被这突如其来的叛乱搅得手忙脚乱，虽然这些叛乱无法动摇北府的根基，但是曾华等人考虑的却是这些叛乱会不会给刚刚经历过一场大灾的关陇雪上加霜，而且曾华也知道需要检讨一下为什么关陇会出现这么大的叛乱。
长安的命令接连不断地传出，府兵、厢军纷纷聚集，向各叛乱地区开进。这次平叛非常谨慎，先以优势兵力围住叛军，切断他们与其他地方的联系，然后开始步步为营，不慌不忙地对叛军进行无情的打击。
叛军的各自为政是他们最大的破绽，这次也不例外。虽然他们这次筹划许久，而且同时响应，四面开花，但是一旦起事他们又谁都不服谁，而且各自的目标又都不一样，有的是响应关东的周国，有的是占山为王，有的却是为了信仰，所以很快又陷入到以前的局面，各自打各自的。
对付叛乱北府和曾华一向都不手软，而且北府的军事体制让平叛没有那么多困难，精锐的府兵和厢军跟起事的民军根本不是一个级别，加上北府的舆论宣传在这个时代恐怕是“世界第一”，很快就让叛乱地区的民心走向恢复过来。
但平叛也是残酷的，上万叛军在平叛中死于战场和被清算处决，上千豪强世家和首领被牵连，一部被处死，大部被发配到朔州等边地。
到了十月，叛乱基本上已经奄奄一息了。曾华等人也知道了，这次叛乱算得上是“敌对势力”在北府最后和最疯狂的挣扎了。但是曾华必须要吸取经验教训进行善后工作，这次叛乱让秦州的天水、略阳两郡和雍州的安定郡倒退了数年，给永和十年的北府雪上加霜，使得曾华不得不停止一部分“基础建设”，挤出资金从凉、益、梁州等地收购粮食来保证关陇地区的安定。
曾华借着这次叛乱要求都察院和提检司会同三司密探对北府各地官员进行了一次大清察。几年来北府各大学堂陆续培训了不少人才，在毕业经过考核后被分到各地官署成为吏员，然后再进行考核提拔为官员，所以曾华现在不太担心官员人才的缺乏。
曾华等人在了解整个叛乱过程后知道自己一时疏忽忘记了基层组织，所以才给叛乱分子有机可趁。曾华和众人讨论后下令对北府体制进行完善。
首先是强化保甲制，对乡里进行三长制。以十户为一甲，设一甲首，十甲为一保，设一都保，若干保为一乡，设一乡正。而甲首、都保、乡正均优先由厢军、府兵退伍军士担任，各地保甲的主要功能是组织互助生产，维持地方治安，但是却无权组织和调动都尉下辖的民兵，也无权对保甲里的民众进行处置。
接着就是对佛教进行清洗和更严格的限制。借着有佛教徒组织这次叛乱，北府宣布彻底剥夺辖里寺庙的所有财产，并将僧人全部集中在有数的寺庙里，以官府拨款养活这些僧人。受到更严厉打击的佛教僧人们现在基本上已经失去了大规模传播教义的机会了，他们只能靠翻译天竺佛经和文典等工作来换取官府的拨款，越来越有“学术机构”的模样了。
其实在曾华的心目中，他最希望各地基层机构以教区为准，但是现在看来时机还不成熟，必须要用手段把北府百姓的“思想”先统一起来。这一点曾华觉得自己还是比较有手段的，毕竟在以前没吃过猪肉也见过猪跑，没见过猪跑也听说过猪跑。在曾华的心目中，民主和科学是自己必须留给华夏民族的，但是现在看来要先**才能完成这些任务。曾华越来越明白了，他想把这些种子播下去也得先把地好好平整一下。
这次叛乱除了有佛教徒参与这个特色外，氐人是主体也是一个让众人头痛的问题。相比起羌人来说，氐人农耕化更彻底，但是它依然保持部落氏族的传统和风俗。在北府将其强行打乱整编之后，部落氏族的遗留威力居然比羌人更顽强，在大部分羌人纷纷向圣教和北府归附之时，相当一部分的氐人却意外地保持着强烈的排斥力。也许在他们看来，氐人还有苻家这个希望。
该如何处理这些氐人呢？王猛等人感到非常头痛，因为曾华一直给北府树立了一个对汉、羌、氐、匈奴、鲜卑各族一视同仁的姿势，毕竟这个时候的“汉人”占据劣势，要是不团结一切可以团结的族群，不知什么时候才能翻身。在北府的根基还没有完全稳固下来之前，要是对占据不小人口比例的氐人动手，会不会引起连锁反应？
曾华也很矛盾，做为一个现代人，他虽然有民族主义，但是却没有很激进的“大汉民族主义”。在曾华看来，华夏民族应该是一个联合体，现代思想告诉曾华，一个民族要想保持先进和强大必须不断地海纳百川，吐故纳新。
曾华一直提醒自己，民族大融合是一定要做的，但是却不能象历史上那样用中原百姓们的生命和鲜血去融合。曾华所走的民族融合道路是先用马刀征服，然后用文化同化。为了这个目标，曾华下令以“汉话”为官话，以汉字为官文，以汉姓为官姓，再借着教会的力量将华夏文化固定成信仰，让所有的人知道他们的根源。
曾华下令灭了“共同的敌人”－羯胡，因为必须有人承当后果，肤色绝不一样、作恶多端的羯胡正好接受了这个任务。在那之后曾华就着手准备把其余各族一锅给它炖了，在他看来，与其化时间再杀来杀去，不如借着这个历史时机给它来个不一样的民族大融合。
在曾华的印象中，历史上的北方各朝一旦入主中原就忙不迭地深挖老祖宗，宣布自己是黄帝苗裔，这是个很有趣的问题。自己的圣教已经扛起了这杆大旗，再加上强大的实力做后盾，要是谁不想融合进来就消失掉吧。想到这里，曾华觉得自己是个园丁，一边提着水壶，一边提着剪刀，希望华夏在自己的手里能变得更好。
“首先对氐人不能杀，我们缺人口，氐人都是耕种的好手，我们不能白白丢失这部分人口。但是我们又必须立威，敢叛乱就必须承担后果。”曾华想了想说道，“凡参加叛乱的民众，无论是氐人、羌人还是其它，一律抽签五户灭一户，其余的全部迁移到他郡，以按民身份重新编制。”
王猛等人点点头，觉得这样处理还算严厉，五户灭一户，这样算下来将有千余户，七千余人被杀，而按民身份要低于平民身份，他们必须租种官府的田地，缴纳和平民一样多的赋税之后还要缴纳一笔“赎罪金”，在满五年之后才有机会转为平民。
进入到永和十年的冬天，北府最大的一场叛乱终于平息下来了。