大学的事务，由大学教授组成的教育委员会主持，校长由教育委员会选举产生。各大学区大学的校长组成高等教育会议，处理各大学区间的事务。
教育部只负责处理经高等教育会议议决而与中央政府发生关系的事务，及教育统计报告等，不干涉各大学区事务，教育总长必经高等教育会议认可。
这里不难看出，蔡元培在借鉴法国的大学区制。他的这一设想，也成为后来的南京国民政.府初期，实施“大学区制”的框架基础。
教育独立的呼声虽然喊了很多年，但是只是学界的一厢情愿，终究而没有结果。
这一年的四五月间，第一次直奉战争在京津地区附近爆发。双方10余万兵力，在一个星期的时间内激烈厮杀。
为了保证学校的安全，在蔡元培推动下，组建了北大保卫团。由李四光丁燮林白雄远负责筹建，学生参加者达300多人。
不久前，北大刚刚举办的中断六年之久的学校运动会，重视体育和体现“知识阶层武化”的现实需求，使这个最高学府破天荒在出现的学生军。这和蔡元培民国初年提出的，军国民教育的思想倒是完全一致的。
直奉之战以直系胜利而告终。直系这个有英美等国支持的军阀集团，较之当时的皖系特别是奉系，似乎在政治上清明一些。特别是秀才出身的常胜将军吴佩孚，颇得时人的好感。??由此，直系的当权，使不少期盼政治清明的人们一度想入非非。
曾经在留学回国之初，发誓20年不谈政治的胡适，此时居然也第一次发表政论，写了《我们的政治主张》一文。??他甚至觉得此文可用为公开的宣言，便约请他的十余名本校的同仁和校外的朋友，在蔡元培的住所会商此事。
众人讨论修订后，于5月14日联名发表。这篇书生议政的文字，主张好人应当站出来参与政治，组织一个为各方面均能接受的好人政府，推行政治改革。首先实现南北议和，召集民国六年被解散的国会制定宪法，进以裁兵裁官，使国内政治逐渐步入正规。
肯定地说，这一宣言反映了欧美派知识分子和平改良现实政治的善良愿望，在当时的舆论界，引起了一定程度的共鸣。
蔡元培肯领衔发表这样的宣言，表现了他同样对直系抱有良好的希望，也和许多善良的人们一样，希望国家能从不休止的纷争中走出来。
故此，当直系的曹锟，吴佩孚完成了“法统重光”之后，他便电请孙中山，??中止北伐结束护法。尽管此举遭到很多南方国民党人的强烈反对，蔡元培仍然我行我素，在他看来，他这是在顺应民意。
可以看出，在北大任职的这几年，蔡元培基本上是作为社会名流而涉足国内的政治，这也就使他较少顾及党派的身份，在思想上有很大的自由度。
这一年的暑假，国内的教育界人士齐聚济南，举行的中华教育改进社的第一次年会。蔡元培作为该社董事，向大会致开幕词。会议重点是讨论修改学制的问题。
中华教育改进社是1921年12月23日，新教育共进社新教育杂志社实际教育调查社三者合并而成立。
当时正值中央政治腐朽地方主义抬头教育领域出现权力真空的时期。教育现代化，很大程度上依靠教育社团的群体力量得以实施和进行。由于当时教育团体犹如一盘散沙，难以于全国收统一之效，此会便应运而生。
改进社推举孟禄梁启超严修张仲仁李石曾五人为名誉董事，蔡元培范源濂郭秉文黄炎培汪精卫熊希龄张伯苓李湘辰袁希涛九人为董事，聘请陶行知为总干事。
该社以“调查教育实况，研究教育学术，力谋教育改进”为宗旨，推进教育调查教育测量科学教育，是当时中国最大的教育社团。其成立对促进了中国教育科学化民主化世界化的进程，是发挥了较好的作用的。
2011年恢复重建的中华教育改进社，现有社员三百余人，已形成有志教育改进者相互切磋和激励的平台，成为非营利性专业化的第三方智库，这为后话。
在中华教育改进社的推动下，1922年9月下旬，北京政.府教育部召开学制会议，审议和通过学校系统改革草案等议案。
蔡元培以会议主席的身份主持会议，随后公布的新学制《壬戌学制》《壬戌学制》比起民国初年的《壬子癸丑学制》有了很大的改进。
壬戌学制的主要特点是：1缩短小学修业年限，延长中学修业年限。2若干措施注意根据地方实际需要，不作硬性规定。3重视学生的职业训练和补习教育。4课程和教材内容侧重实用。5实行选科制和分科教育，兼顾学生升学和就业两种准备。
1922年制定的新学制，主要是采取当时美国一些州已经实行了10多年的“六三三制”，
也就是小学年限为6年，初中与高中分别为三年。
这表明中国现代教育制度从效法日本转向了效法美国，由军国民主义教育转向了平民主义教育。但它却并非盲从美制，而是中国教育界经过长期酝酿集思广益的结晶。新学制的颁布和实施，标志着中国新教育制度的确立，标志着中国近代以来的学制体系建设的基本完成
“1922年学制”，“壬戌学制”，“新学制”“六三三学制”指的是同一个学制。
1922年《壬戌学制》，是中国现代教育史上影响最深的一次变革。不仅提出了“多留各地方伸缩余地”的弹性教育理念，而且自下而上的改革，民间知识分子教育群体扮演了主角。
此次教育改革所确立的改革标准中，有发挥平民教育精神，谋个性之发展等内容。这与蔡元培平素的教育主张十分吻和，显然他为新学制的制定和实施付出了很大的努力。